存在违约行为：申请人未履行合同义务（如工程质量不合格、逾期完工、货物交付违约等），受益人依据保函提出索赔，保证金将用于赔付损失，可能部分扣除或全额不予退还。

示例：某施工企业因工期延误导致业主索赔，银行从其 30% 履约保证金中扣除相应金额补偿业主，剩余部分才予以退还。

保函有效期内发生索赔纠纷：若索赔争议未解决，保证金会被担保机构暂存，待纠纷判决或协商一致后，按结果处理（如判定申请人违约则扣除相应金额）。

违反保函特殊约定：部分保函会约定额外义务（如不拖欠工人工资、不破坏环境等），若申请人违反，保证金可能被部分扣除。

保函存在欺诈或违法情形：若申请人通过虚假材料骗取保函，或利用保函从事违法活动，保证金不予退还，还可能面临法律追责。