预付款保函和履约保函是两种不同类型的保证函，它们之间存在明显的区别。

一、保证责任

预付款保函和履约保函的保证责任不同。预付款保函主要是由保证人为施工方向业主提供的，保证人对施工方履行扣还预付款义务的保证。这意味着，如果施工方未能按照约定扣还预付款，保证人将承担相应的保证责任。而履约保函则是由担保人为施工方向业主提供的，保证施工方能够按照合同规定履行其义务。如果施工方未能履行合同义务，担保人将承担相应的担保责任。

二、担保时间

预付款保函和履约保函的担保时间也有所不同。预付款保函的担保时间通常较短，一般为30-90天。这是因为预付款保函主要是为了保证施工方能够按照约定扣还预付款，而这个过程通常不会太长。相比之下，履约保函的担保时间往往要贯穿整个项目，时间比较长。这是因为履约保函是为了保证施工方在整个项目期间都能履行合同义务。

综上所述，预付款保函和履约保函在保证责任和担保时间方面存在明显的区别。因此，在选择使用哪种保证函时，应根据具体情况和需求进行考虑。