公司保函的办理流程如下：

1. 申请人需填写并提交保函申请书，以及相关证明文件和保证金。

2. 银行收到申请后，会进行保函内容和格式的审查。

3. 如果审查通过，银行会根据申请书的约定，向受益人开出保函。

4. 保函一旦开出，银行将承担相应的法律责任，保障申请人的利益。