无尘车间的清洁通常要搞五道，只有经过这五道的清洁才能达到较好的清洁效果。
道：将无尘车间内的垃圾、无用物品等全部清理出无尘车间。然后进行清洁，清洁首先对天花板进行开始，通常是用湿抹布对天花板进行清洁，然后再用干抹布擦干清洁。天花板清洁完毕后再进行隔墙的清洁，条件允许可以采用水冲洗的办法进行清洗，条件不允许（有开关、插座的地方）可以采用湿抹布进行清洁，再用干抹布擦干。后对地面进行清洁，地面通常用水进行冲洗，冲洗由里至外的路线进行，冲洗完毕应清理地面的积水。在整个清洗过程中，所有清洁工具及人员必须干净，所有的水源必须经常更换，以防止二次污染。整个过程中防止存在卫生死角不作清洁（例如回风柱、生产设备、衣柜等地方）。对不易清洁的地方可用洗洁精等进行辅助清洁。
第二道：重复次过程，不过应更加注重仔细。确保无尘车间内没有可见灰尘及污迹。
第三道：所有清洁人员须穿着洁净服并严格按照无尘车间的使用办法进入无尘车间进行清洁，所有抹布改为无尘抹布进行清洁。清洁完毕，确保无尘车间一尘不染。
第四道：重复第三次的办法
第五道：所有清洁人员须穿着洁净服并严格按照无尘车间的使用办法进入无尘车间进行清洁，所有抹布改为无尘抹布进行清洁。整个无尘车间及无尘车间内的设备等均用75%的酒精进行。
后，所有人员退出无尘车间，并锁好门并开启空调机（可不开冷气只开通风）及开启紫外线灯。空调运行四十八小时后经检测合格后可以进行生产。