主要区别有：1、银行保函是银行信用，公司保函是商业信用。

2、银行保函多用于国际贸易，用于国际担保业务。而公司保函多用于国内公司向银行贷款的保证。

3、公司保函需要银行审核，银行保函是银行自有行为。受益人在保函项下合理索赔时，担保行就必须承担付款责任，而不论委托人是否同意付款，也不管合同履行的实际事实。即保函是独立的承诺并且基本上是单证化的交易业务