个人独资公司由于属于一人公司的范畴，因此有其天然缺陷：
，个人独资公司内部一人股东往往既是公司财产的实际上的所有人，同时又是公司经营管理人或实际控制着公司的经营管理的幕后指挥者。由此一来传统公司组织机构的基本结构“股东会——董事会——监事会”三会并立的体系被打破。个人独资公司的公司意志不再是股东会依法定程序，集合分散的个别的股东意志形成，而是单一股东自身意志。单一股东直接控制、经营公司，其行为亦无监事会监督，难免不以不当方法或不当目的将公司财产转至个人名下，削弱公司担保财产，损害公司债权人利益，危害社会交易。
比如公司向股东低价转让标的物，或者公司从股东处高价受让各种货物与服务。另外，公司与公司外的第三人进行不利于公司利益的交易，而第三人则将其所获利益转让给股东。又如一人股东可以按自己意志制定公司财务方案，以公司的名义付给自己高额薪金，或通过其他途径，支付给自己各种名目的报酬。以上种种都是个人独资公司的股东利用公司内部监督机制的缺乏而损害债权人及雇员利益的表现。
第二，由于个人独资公司仅有一名股东，背离了公司股东复数原则，股东依仗自己在公司法人制度中所处的优势地位，滥用有限责任特权，缺乏复数股东之间的相互制约机制，使投入公司的财产是否与股东其它财产完全分离无从考虑。而“三会”体系的虚无，更使分离原则之全部意义荡然无存。
由此该股东侵吞公司财产便无所顾忌。如一人股东将公司流通资产贷与自己或挪作自用;与公司订立同公司目的事业无关的契约而创设公司债务，加大公司之负担;将公司财产低价售与自己或与自己有特殊关系的人，或相反，另公司高价收购自己或与自己有特殊关系的人的财产;为自己或与自己有特殊关系的人确定过高的薪水。总之，公司之一人股东可通过各种渠道将公司财产流失于公司之外，使公司空壳运转。这意味着公司无承担投资风险的责任财产，而股东还可以享受有限责任特权之保护，从而使公司债权人或社会公众承担极不公平的风险。