大棚蔬菜对施肥要求很高，假若施肥不当，则不仅会导致土壤板结，引起蔬菜肥害，而且还会影响肖酸盐、亚肖酸盐含量超标。而这两种物质对人体健康有极大的危害。因此，在大棚蔬菜生产上，一定要慎施化肥，科学施肥，还要用正规厂家的肥料，如：金宝贝的微生物菌肥。微生物菌肥不仅可以改善土壤结构，同时还能着提高10%-30%的产量。
控施化学氮肥，增施磷钾肥氮肥虽然是大棚蔬菜生产中不可缺少的肥料，但也不能过量施用。而磷、钾作为品质元素，可参与蔬菜体内的一切生化反应，可活化蔬菜体内60多种酶，使蔬菜抗逆性能明显增强，因此应大量施用。另外，在大棚蔬菜生产管理上，应适当增加掀棚、开窗的次数及时间，增加光照强度，以尽量减少蔬菜体内肖酸盐的含量。需要禁止或限量施用的化学氮肥主要包括：禁止施用硝态氮如肖酸铵、肖酸钾以及含硝态氮的复混肥，减少蔬菜中肖酸盐积累。 不宜施含氯化肥如氯化甲、氯化铵等氯离子能降低蔬菜中的淀粉含量，使品质变劣，产量降低，而且残留于土壤中易造成土壤脱钙，引起板结。大力推广锌、钼、钙、镁等新化肥这些营养元素能积极改进蔬菜品质，同样是蔬菜生长必不可少的。
实施测土配方平衡施肥大力推广蔬菜专用型复合肥料。专用性肥料是根据不同蔬菜的需肥特点和土壤供肥状况而研制确定的，养分更齐全、营养更科学、配方更合理、针对性更强，施用后能显着提高蔬菜产量和改善蔬菜品质。 大力推广生物肥料特别是要大力推广生物菌肥。生物肥料中含有微生物活化菌，它是由有机肥、无机肥、菌肥、增效剂复合而成的“四合一”肥料，实现了各种肥料的科学配合，优势互补，效益互促，是实现大棚蔬菜平衡施肥的最家肥料品种之一。施用生物有机复合肥，可改良土壤，增加土壤肥力，给大棚蔬菜创造良好的生长环境。