中国少年军校总校由团中央、全国少工委、解放军总政治部、教育部、公安部、武警部队、国家国防教育办公室等相关部门组成，是围绕全国基层少年军校开展工作的管理和服务机构。
中国少年军校总校直属全国少工委领导，归口中国少先队事业发展中心管理，其主要职能是：
（1）贯彻《中华人民共和国国防教育法》，广泛发动、引导、组织少年儿童开展以爱国主义教育为核心，以国防教育为主题的少年军校活动；
（2）制定全国少年军校发展规划及阶段性工作计划，指导全国各类少年军校开展爱国主义、集体主义和社会主义为主要内容的体验教育活动；
（3）开展争创“全国少年军校示范校”活动，负责制定和完善《中国少年军校示范校管理实施细则》，加强全国少年军校正规化建设；
（4）举办“全国少年军校检阅式”，评选、表彰“全国优秀少年军校工作者”；
（5）制定实施全国少年军校管理规则和考核评估标准；
（6）加强对少年军校总校办公室的领导，提高工作人员素质，更好地为少年军校和广大少年儿童服务。