买回虫草后要重点防潮、防霉和防蛀，如果只需保存很短时间的话如几天或十几天，只需放在凉干燥的地方就行了。如果保存时间稍长如半个月以上，可将冬虫夏草装入铁盒或塑料盒子中，再在装好虫草的盒子外面套1～2层塑料袋并将袋口密封严实，置冰箱中冷藏保存（温度在0～6度为好）；如果预计要保存的时间很长，如半年以上，还可以将大部分虫草置冰箱中冷冻，少部分置冷藏，日常使用时取冷藏的那部分虫草，冷藏部分用完了再从冷冻中分出一部分继续冷藏，这样保存能确保冬虫夏草完好，在使用期内价值与外观品相基本不会降低。在保存冬虫夏草时还应注意定期检查，通常1个月1次，万一发现受潮或发霉，应立即晒干然后再按该方法继续保存。
冬虫夏草只要保存得当，保存两年时间可长达两年，但是保存时间太长后虽然外在品质没有多大变化，但内在品质可能会降低，毕竟冬虫夏草是一种、昂贵的滋补品，当保存时间过长其内在的有效成份、营养物质可能会有所损失，生物活性会降低，相应的其功效作用也会有一定下降，因此冬虫夏草好不要保存太长时间，一般不要超过一年，每年都有新的冬虫夏草上市，新草上市后就应尽量购买新草服用。