在办理程序上有区别：

如果自己注册的话，必须去所在的当地工商局办理；委托公司代理公司注册的话，则不需要自己到工商局办理，只需要提供相关的材料给代理公司就可以了。

第二：费用上有区别，

自己去办理的话，只需要刻章以及证件的费用。如果委托代理公司注册，则还需要给代理公司代理费，代理费用视当地经济水平以及代理公司的收费水平，当然，一般来说，这些代理费用是不包括证件费用和刻章的费用的。

第三：时间上有区别

自己去办理公司注册的话，由于对这些办理程序都不熟，办理的时候比较慢；而委托代理公司去办理，由于他们比较所以速度很快，企业能更快的拿到证件，经营公司的业务。