与保证的区别：保证通常是一种人的担保，主要依赖保证人的信用和偿债能力；而保函除了人的担保外，还往往与银行等金融机构的信用和资金实力相关，具有更强的可靠性和独立性。在法律关系上，保证一般是从属于主债权债务关系的从合同，而保函在一定程度上具有独立性，即使基础交易出现问题，只要保函的索赔条件成就，受益人通常仍有权向担保人索赔。

协商的一般流程

提出协商：由申请人或受益人根据实际情况，向对方提出关于预付款保函期限协商的请求，并说明理由。

双方沟通：申请人与受益人就保函期限调整的具体事宜进行沟通和协商，各自阐述利益诉求和考虑因素，寻求双方都能接受的解决方案。

达成一致：经过协商，双方就保函期限达成一致意见后，形成书面的协议或补充协议。

通知担保人：双方将协商一致的结果通知开立保函的银行或担保机构，由其审核并办理相关的保函期限调整手续。

从常见商业实践看

在实际商业活动中，预付款保函期限超过预付款使用期限是较为常见的做法。一般会根据合同的整体期限、项目的复杂程度等因素来综合确定保函期限。比如在一些大型设备采购项目中，预付款使用期限可能在设备生产阶段，但保函期限通常会延长至设备交付后的一定质保期内，以保证在整个交易过程中受益人的权益都能得到有效保障。

从法律规定角度看

只要预付款保函期限的约定是在法律法规允许的范围内，且是合同双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等违法违规情形，那么保函期限超过预付款使用期限是合法有效的，受到法律的保护。我国《民法典》等相关法律法规尊重当事人的意思自治，允许合同双方根据实际情况协商确定保函期限等条款。