CRCC开展的产品认证工作在国家认证认可监督管理委员会的领导下，按专业领域分别受铁路产品认证公正性管理委员会和城轨装备认证工作委员会的公正性监督管理，以及中国认证机构国家认可管理委员会（CNAS）的指导和监督。

认证部亦以铁道部产品质量监督检验中心为基础，主要包括业务部、标准协调部、检查检验部、检验协调部和申诉监理部。综合后勤部和技术装备部为产品认证和产品检验提供技术装备保障和后勤服务。基础部以铁道部标准计量研究所为基础，主要包括：铁路行业标准化研究室、铁路专用计量室、国家轨道衡计量站、国家铁路罐车容积计量站。

CRCC设有综合业务部、机车车辆事业部、基础设施事业部、电务供电事业部、城轨认证事业部（测试评估部）、校准事业部、标准事业部、合作发展部、申诉监理部、办公室、财务部、人力资源部、技管室、科管部和机车车辆、接触网、通信信号、铁道建筑、金属化学、运输包装等检验站等部门和1个分支机构、1个子公司。

对同一申证企业、同一申证产品连续2次认证不合格、或已批准撤销认证证书的，自发出通知之日起1年内CRCC不再受理该企业该产品的认证申请。受理认证申请后，申请方应与CRCC签订《铁路产品认证合同书》(初次认证或复评)，并按规定缴纳认证费用。