2002年被国家人事部、卫生部、国家中医药管理局确定为“全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师”。编著出版了《历代名方精编》、《金匮方百家医案评议》、《古今奇效单方评议》、《金匮要略校注》、《中医必读》、《连建伟中医传薪录》等著作。并先后担任国家规划教材《方剂学》编委、副主编，主编,协编教材中药专业《方剂学》副主编，共发表专业论文80余篇。《金匮要略校注》获国家中医药管理局1992年度中医药科技进步二等奖。精于脉理，平脉辨证，擅长运用经方及后世各家医方，数方相合，化裁得宜，尤对内科脾胃病有丰富的经验。
连建伟认为，胆为“中正之官”，清净之腑，恶烦扰，恶壅郁；又主决断，谋虑出焉，若病后，或久病而宿有痰饮未消，胸膈余热未尽；或胃中痰饮邪热郁结，胃失和降，痰热必然随胃气之逆而犯胆腑，使其欲清不得，欲静不能，必伤少阳温和之气，以致虚烦不得眠、胆怯心悸等。方中半夏辛温，燥湿祛痰、和胃降逆，为君药。陈皮辛苦温，燥湿化痰、和胃，茯苓健脾祛湿，生姜辛温，祛痰止呕，又可解半夏之毒，均为臣药。竹茹性寒，清热涤痰、除烦止呕；枳实苦微寒，下气行痰，与半夏相配，气顺痰消，气滞得畅，胆胃得和，均为佐药。少量甘草调和诸药，以为使。恐大枣之滋腻碍湿，故去之不用。诸药合用，化痰而不燥，清热而不寒，使痰热尽去，胆腑自然恢复其少阳温和之气，故以“温胆”名之。
治脾宜升，治胃宜降，相济为用
《素问，六微旨大论》云：“气之升降，天地之更用也……出入废则神机化灭，升降息则气立孤危，故非出入，则无以生长壮老已，非升降，则无以生长化收藏。是以升降出入，无器不有。”连老认为，气机之升降各有所主，与肝、胆、脾、肺、胃均有关。通过升降，脏腑各尽其职，气血津液得以敷布，废物糟粕及时排出，但以脾胃为升降之枢纽，正如东垣所云：“脾为太阴之脏，恶湿喜燥，燥则脾之清气上升，以煦心肺，心肺和煦则下济肝肾；胃属阳明之腑，恶燥喜润，润则胃之浊气下降，以濡肝肾，肝肾濡润则上滋心肺。”脾主运化，其性主升，清阳得以上达上窍；胃主受纳腐熟，其性主降，水谷入胃得以下行，是故《临证指南医案》云：“脾宜升则健，胃宜降则和。
若脾胃升降乖常，则出现“胃病者，腹顶胀，胃脘当心而痛，上支两胁，膈咽不通，食欲不下”（《灵枢·邪气脏腑病形篇》），或“清气在下，则生飧泄，浊气在上则生胀”（《素问·阴阳应象大论。连老认为，脾胃气弱，清气不升而反降为飧泄，当升脾；浊气不降，而反上逆，则生胀，为呕，为吐，为哕，为便团，当降胃。对脾虚小能运化水谷，精微不生，反生湿浊，而为泄泻者，老师治以健脾、化湿祛浊，如香砂六君、参苓白术、资生丸，或温中暖脾，如理中汤。若清阳不能上升而下陷浊气不能下降而上逆，清浊反常，症见脘腹胀满、大便不畅时，应升阳泄浊并举，使中阳升腾，浊阴方可下降，宜补中汤、升陷汤。六腑以通为用胃气以下行为顺，否则传化无由，壅滞为病。对胃失通降，浊气浊阴随之上逆，应通降镇逆，方选旋覆代赭汤、橘皮汤、橘皮竹茹汤，可根据寒热虚实灵活运用。对虚中夹实、寒热互结、痞塞难开者，宜辛开苦降，如半夏泻心汤、甘草泻心汤、生羡泻心汤等。连老强调，脾为阴脏，其用在阳，不升则阳无所用；胃为阳丽，其用在阴，不降则阴无所用。因此，治脾必知其欲升，治胃必知其欲降。察其阴阳，知其升降，明其补泄，才能抓住脾胃病的要点。
重视调肝，硫木扶土，以平为期
肝主疏泄，主一身气机的升降出入。《素问·宝命全形论篇》云“土得木而达。”脾为至阴之脏，必赖肝之疏泄，始能运化水谷以化生气血。陈士铎《石室秘录》云：“肝，克土也……土得木以疏通，则土有生气矣。明确指出了肝气升发泄对于脾升胃降、脾运胃纳的重要作用。
连老从临证实践中体会到，脾胃病因肝郁而发者十之六七。“肝为起病之源，胃为传病之所”，若肝失疏泄，气机郁结则脾胃升降失常，壅滞成病；或疏泄太过，横逆而犯，脾胃受戕；或脾胃虚弱，肝木乘之，气乱为病。因此，肝气无论太过或不及，均可直接影响脾胃的运化功能。故《血证论》云：“木之性主疏泄，食气人胃，全赖肝木之气疏泄之而水谷乃化；设肝之清阳不升，则不能疏泄水谷，渗泄中满之症，在所不免。
肝病易传脾胃，故在脾胃病时应以开郁为先，疏肝柔肝之法贯穿始终，肝脾胃三脏共调，以平为期。正如叶天士所云，“治脾胃必先制肝”、“醒胃必先制肝，培土必先制木”，实为从肝论治脾胃之纲领也。若以肝气横逆为主而脾虚不甚者，以柴胡疏肝散加味为主，舒畅肝气；肝气郁滞兼有脾虚者，则以逍遥丸加减疏肝健脾；肝郁化火者，方选景岳化肝煎解肝郁、清肝火；若肝火灼伤胃阴者，投以一贯煎加少量黄连来疏肝清肝、和胃降逆；若土壅木郁，因脾胃尖健而影响肝之疏泄功能者，以越鞠丸加味，和脾胃，疏肝木；若以脾虚失运为主而兼肝郁者，则以归芍异功散为主，培土以荣木。临床如已见肝病，则无有无脾胃病症状，时均应辅以健脾胃、助运化之品，方合仲景“见肝之病，知肝传脾，当先实脾”之意。
连老指出，肝为刚脏，喜柔润之性，因此遣方用药时宜痿叶天士“忌刚用柔”之说，适当配合白芍、当归等柔肝，也可用山萸肉、五味子酸甘化阴、以养阴柔肝，还可选用生地、枸杞以滋水涵木。巰肝时要注审而不伤阴，常用川朴花、绿萼梅、佛手等微辛而不燥烈耗阴之品，避用辛温苦燥之药，或在药中酌加养胃阴之品，如北沙参、麦冬、玉竹、石斛等，则无耗伤胃阴之弊。