工程保函实际上是用保函代替保证金的一种做法。目前正大力向全国推行。
主要有投标保函、预付款保函、履约保函、支付保函、质量保函。
1、投标保函：即招投标过程中要求投标人提供银行出具的保函，以担保投标材料真实、中标后不会因不正当理由不订立合同。担保金额一般为招标价的3%。
2、预付款保函：即担保预付款会按照合同要求使用。通常施工企业提供一张预付款保函给业主（开发商、保函受益人），业主即拨付同等金额的预付款给施工企业。担保金额一般为合同价的10%-30%。
3、履约保函：即担保企业签订施工合同后，能按合同履约。担保金额一般为中标价或者合同价的10%-30%。
4、农民工工资支付保函：即担保业主或者施工企业不拖欠农民工工资。通常受益人是工程所在地社保局或者劳动局或者建设局。
5、质量保函：即工程竣工验收之后，担保工程质量不出问题。通常质量保函的期限是两年，担保金额为合同价的3%-10%。
银行质量保函指的是在银行开一个对项目或者产品的质量的一个保证金的证明，一旦质量有问题，施工方或者供货方不给解决问题的话，甲方可以拿着质量保函到银行，直接得到赔偿。保函申请：1.申请人填写开立保函申请书或开立保函合同；2.申请人提交保证金或其他反担保；3.申请人提交合同相关的基础材料；4.申请人提交银行要求的其他相关开立保函所必需的材料。保函审核及开出：1.银行对客户资格、基础交易、相关材料审查；2.银行对客户的保证金或授信额度等抵押情况进行落实；3.银行审核保函的书面申请及保函格式；4.保函开出。
法律依据：
《人民法院关于审理独立保函纠纷案件若干问题的规定》 条本规定所称的独立保函，是指银行或非银行金融机构作为开立人，以书面形式向受益人出具的，同意在受益人请求付款并提交符合保函要求的单据时，向其支付特定款项或在保函金额内付款的承诺。前款所称的单据，是指独立保函载明的受益人应提交的付款请求书、违约声明、第三方签发的文件、法院判决、仲裁裁决、汇票、发票等表明发生付款到期事件的书面文件。独立保函可以依保函申请人的申请而开立，也可以依另一金融机构的指示而开立。开立人依指示开立独立保函的，可以要求指示人向其开立用以保障追偿权的独立保函。
衍生问题：
履约保函和质量保函之间的区别之处在于哪里呢？
两者保证的内容是不一样：履约保函保证承包商按合同施工，质量保函保证的是建筑后期的维修。交保函的时间不一样：履约保函一般是签合同的时候，交给业主的；而质量保函是工程完成之后，交给业主的。保证的期限不同：履约保函一般是工程完工后一个月到半年之后失效；质量保函一般看合同保证的维修期限。
1、项目方向银行提出申请，填写担保业务申请书，并按银行提出的条件和要求提供下列资料：
（1）项目方的营业执照副本、法人代码证副本、税务登记证副本和法定代表人证明文件等
（2）对外担保主合同、协议或标书及有关交易背景资料；
（3）担保涉及的事项按规定须事先获得有关部门批准或核准的，须提供有关部门的批准或核准文件；
（4）项目方经会计（审计）师事务所审计的上两年财务报表及当期财务报表；
（5）反担保措施证明文件；
（6）银行要求的其它资料。
2、银行收到申请和有关资料后，对申请人的合法性、财务状况的真实性、交易背景的真实性等进行调查，了解借款人的履约、偿付能力，向申请人做出正式答复。
3、银行同意开立保函后，与申请人签订“开立担保协议"，约定担保种类、用途、金额、费率、担保有效期，付款条件，双方的权利、义务，违约责任和双方认为需要约定的其它事项对于需提供反担保的，还应按银行要求办理反担保手续。
4、项目方须知：项目方应加强与银行的联系，在确认需要银行提供担保，决定担保项下的各项金融条件以前，应与银行及时进行沟通。项目方在当地银行取得开立保函授信额度后，与银行签订"开立担保协议书"，凭银行"开立担保协议书"及其营业执照副本、法人代码证副本、税务登记证副本和法定代表人证明文件、项目相关批文、可行性研究报告等与投资方签订“项目融资协议书"，投资方提供担保函样本，经担保行确认后，开出担保确认函。
投资方将以上相关资料报董事会审批，经董事会核查无误后，在十五个工作日内通知项目方法人在指定地点签订"国际借款合同"办理过款手续，分批过款至项目方开立担保函银行账户，项目方根据双方约定，按到位资金全额开出正式"银行担保函"，并支付一次性综合费用。
一、履约保证金是什么？
工程合同签订时，一般业主（甲方）会要求工程承包方（乙方）提供一定比例的履约保证金，一般为合同总金额的10%左右。相当于乙方押10%合同金额的资金在甲方这边，一旦施工过程中，乙方出现违约后甲方直接扣除损失。项目竣工后（乙方获得竣工报告为准） 甲方应该在合同规定的退还时间内退还履约保证金。
二、为什么大家都说现在可以不用交履约保证金了，只交保函？
其实履约保证是有两种形式，种就是直接缴纳保证金，第二种就是履约保函。当甲方资金实力不足，或者经营遇到困难，甚至项目停建都有可能导致乙方资金回收遇阻。
履约保函一般由银行出具（或担保公司出具履约保函），是担保机构根据甲乙合同而出具的，为乙方向甲方担保项目正常履行；当乙方违约，甲方可以直接向开具保函的担保机构提出索赔。