安全要求：无菌实验室和生物安全实验室必须保证人身安全、环境安全、废弃物安全和样本安全，并能长期安全运行。同时，他们还需要为实验室工作人员提供舒适良好的工作环境。
空气质量要求
无菌洁净实验室要求室内空气洁净无菌，通常采用过滤器、紫外线灯和负压等技术确保空气质量。根据不同的实验要求，空气质量级别和精度要求也不同。如何保证实验室空气中的微生物和颗粒不污染实验结果，是无菌洁净实验室设计的重点。
人员进出口
因为无菌洁净实验室的目的是防止人员和制作物的相互污染，所以高端实验室的人员进出口也是至关重要的。这包括必须穿戴无菌防护服和手套、必须手和脚、限制进出、限制通行和指定特定进出口等等。
为使物料流快速、顺畅地流通，无菌洁净实验室的设计必须符合合理路径设计。路径设计应该考虑到人员的流动方便，同时确保物料不需经过“干净”和“脏”区域。
重点控制点
在无菌洁净实验室内，需要指定特定的重点控制点，确保实验物料和人员没有潜在的污染源。这些重点控制点包括，设备接口、设备运转、洗手间、实验室物品搬运等。