预付款保函：又称还款担保，是指向工程业主（受益人）保证，如申请人未能履约或未能全部按合同规定使用预付款时，则银行负责返还担保函规定金额（或未还部分）的预付款。预付款担保的担保金额不应超过承包人收到的工程预付款总额。

投标保函：是指投标人（申请人）作出保证，在投标人报价的有效期内，投标人将遵守其诺言，不撤标、不改标，不更改原报价条件，并且在其一旦中标后，将按照招标文件的规定及投标人在报价中的承诺，在一定时间内与招标人签订合同，如投标人违约，银行将在担保额度的范围内向招标人支付约定金额的款项。该金额数通常为投标人报价总额的1%-5%不等。

区分商业保函和银行保函就看该保函是谁出具的，即有相关机构的公章及相关代表人签字。

工程担保的主体分为:受益人，保证人及被保证人。受益人就是保函开给谁，谁就是受益人，保证人一般是开具保函方，被保证人就是谁申请出具保函，谁就是被保证人。

在中国，保函一般都是银行或者相关金融机构如担保公司等出具保函。由担保公司出据的保函，称为商业保函；银行出具的保函，称为银行保函。

商业保函的取得较为容易，费用也较低，但由于其本质为商业信用担保，所以公信力较低。另外，公司保函大多有很强烈的地域特色，某一地区被承认的担保公司多是由当地相关部门如建委等批准，因而其出据的保函也只在本地区内被承认。