一、 设立条件不同
一人有限责任公司不限注册资本，股东应当缴纳公司章程规定的出资额；个人独资企业的设立并没有法定注册资本限额的限制，只需出资人申报出资即可。另外，一人有限责任公司的货币出资金额不得低于有限责任公司注册资本的30%，而个人独资企业对出资形式未做出任何强制性规定。
二、 投资主体不同
一人有限责任公司的投资主体可以是自然人，也可以是法人；个人独资企业的投资主体只能是自然人。
三、投资者责任承担不同
一人有限责任公司的股东以认缴的出资额为限承担""有限责任""，仅有股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的情况下对公司债务承担连带责任；个人独资企业的投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任，投资人在申请企业设立登记时明确以其家庭共有财产作为个人出资的，应当依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任。
四、法律形式不同
一人有限责任公司属于法定的民事主体，具有法人资格；而个人独资企业不具有法人资格。
五、税收征缴规定不同
一人有限责任公司按照税法规定，需要缴纳企业所得税，而个人独资企业不需要交纳企业所得税，只需要缴纳个人所得税。《关于个人独资企业和合伙企业征收个人所得税问题的通知》规定，个人独资企业和合伙企业从2000年1月1日起，停止征收企业所得税，比照个体工商户生产经营所得征收个人所得税。
六、财务核算要求不同
一人有限责任公司应当在每一会计年度终了时编制财务会计报告，并经会计师事务所审计；个人独资企业则只需依法设置会计帐簿来进行会计核算，无需经会计师事务所审计。