认定标准不同
高新技术企业认定后，在地方税务局备案后，企业所得税由原来的25%降低为15%。企业必须每年在国家税务局做高新技术企业备案，通过后，才可以享有到政策优惠。软件企业认定，在国家税务局备案后，自获利年度起，第1年和第2年免征企业所得税，第2年至第5年减半征收企业所得税。享有完5年优惠后，不会再享有任何企业所得税政策优惠(包含高新企业政策优惠)，企业所得税按照25%征收。
软件企业的认定标准
1、在我国境内依法设立的企业法人；
2、以计算机软件开发生产、系统集成、应用服务和其他相应技术服务为其经营业务和主要经营收入；
3、具有一种以上由本企业开发或由本企业拥有知识产权的软件产品，或者提供通过资质等级认定的计算机信息系统集成等技术服务；
4、从事软件产品开发和技术服务的技术人员占企业职工总数的比例不低于50％；
5、具有从事软件开发和相应技术服务等业务所需的技术装备和经营场所；
6、具有软件产品质量和技术服务质量保证的手段与能力；
7、软件技术及产品的研究开发经费占企业年软件收入8％以上；
8、年软件销售收入占企业年总收入的35％以上，其中，自产软件收入占软件销售收入的50％以上；
9、企业产权明晰，管理规范，遵纪守法。
高新认定标准不同
1、企业申请认定时须注册成立一年以上；
2、企业通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，获得对其主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权；
3、对企业主要产品（服务）发挥核心支持作用的技术属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；
4、企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%；
5、企业近三个会计年度（实际经营期不满三年的按实际经营时间计算，下同）的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例符合如下要求：
a.近一年销售收入小于5,000万元（含）的企业，比例不低于5%；
b.近一年销售收入在5,000万元至2亿元（含）的企业，比例不低于4%；
c.近一年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%；
其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%；
6、近一年高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例不低于60%；
7、企业创新能力评价应达到相应要求；
8、企业申请认定前一年内未发生重大、重大质量事故或严重环境违法行为。
有效期限和年审规定不同
1、高新技术企业有限期为三年，三年复审，第六年重新认定。拟认定的高新技术企业每年按照相关规定报统计和科委备案，同时在地方企业所得税减免所办理减免备案。
2、软件企业实行每年年检，根据软件企业管理办法规定的指标和资料，提供相关资料，每年的六月份之前办理软件企业年检，如果通过了，可以享受上一年度的企业所得税减免，如果没有通过，不能享受企业所得税减免。
所享受的企业所得税优惠不同
1、高新技术企业认定后，在地方税务局备案后，企业所得税由原先的25%减少为15%。企业需要每年在税务局做高新技术企业备案，通过后，才能享受到优惠政策。
2、软件企业认定，在税务局备案后，自获利年度起，年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。享受完五年优惠后，不再享受任何企业所得税优惠政策（包括高新企业优惠政策），企业所得税按照25%征收。
所享受的其他优惠政策不同
（一）高新技术企业可享受的其他优惠政策：
1、经认定的国家高新技术企业，在部分园区可获得1-20万元的奖励；
2、经认定的国家高新技术企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销；
3、经国家科委认定的高新技术企业，包括但不限于在国家的一些扶持项目申报上有帮助，有的项目申请还强制要求必须有国家高新资质才能申请；
（二）软件企业可享受的其他优惠政策：
1、软件产品登记后，对增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按13%的法定税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。
2、软件企业认定后，在我国境内设立的软件企业可享受企业所得税优惠政策。2012年1月1日以后创办软件企业经认定后，自获利年度起，享受企业所得税“二免三减半“的优惠政策。
3、软件生产企业实行增值税即征即退政策所退还的税款，由企业用于研究开发软件产品和扩大再生产，不作为企业所得税应税收入，不予征收企业所得税。
4、经认定的软件生产企业的工资和培训费用，可按实际发生额在计算应纳税所得额时扣除。