水母身体的主要成分是水，并由内外两胚层所组成，两层间有一个很厚的中胶层，不但透明，而且有漂浮作用。它们在运动时，利用体内喷水反射前进，远远望去，就像一顶顶圆伞在水中迅速漂游；有些水母的伞状体还带有各色花纹，在蓝色的海洋里，这些游动着的色彩各异的水母显得十分美丽。
大多数水母的辐管、触手及感官均呈四辐射对称。触手是刺胞动物重要的结构之一，虽然某些水螅型与水母型完全缺乏触手。触手基本上可分为两种形态，一种是头状的，短小，刺细胞集中在触手端部，组成帽状结构，一种是丝状的，细长，刺细胞沿触手全长呈环状或瘤状分布，这两种触手或单独存在于不同的种，或同时存在。触手的数目、结构、排列方式在不同的种不同，触手或由于胃腔的伸入而中空，或由胃腔细胞充满而呈实心结构。触手的数目也常随动物年龄的增加而增加，触手的基部也常膨大，是感觉细胞或刺细胞集中的结果。
有些水母不单颜色多变，而且还会在水中发光，有些闪耀着微弱的淡绿色或蓝紫色光芒，有的还带有彩虹般的光晕，当它们在海中游动时，就变成了一个光彩夺目的彩球。水母发光靠的是一种叫埃奎明的奇妙的蛋白质，这种蛋白质和钙离子混合时，就会发出强蓝光。埃奎明的量在水母体内越多，发的光就越强，每只水母平均只含有50微克。
钵水母纲的水母体体型较大，伞缘直径一般在2-40厘米之间，个别大的种直径可达1-2米，例如一种霞水母。伞呈圆盘形，如海月水母，或呈锥形、半圆形、蝶形等因种而异。由于体内的生殖腺或其他胃囊等结构具有色泽，而使身体在透明中出现局部的粉红色、桔红色等。