化粪池的清掏周期与粪便污水温度、气温、建筑物性质及排水水质、水量有关。清掏周期过短，则化粪池粪液浓度过高，与实际清掏周期差距过大，影响正常发酵和污水处理效果，甚至造成粪液漫溢，影响环境卫生。
经过化粪池的酸性发酵后，其出水呈酸性，酸性污水对城市下水道有腐蚀作用。
厌氧过程产生恶臭气体，造成周围空气质量恶化，尤其在清掏过程中，恶臭气体可影响数百米远。而且容易滋生蚊蝇等，对健康和环境造成极大威胁。
实践证明：清掏周期的取定，应兼顾污水处理效果、建设造价、管理三个方面因素清掏周期一般不宜少于12 个月。上元门水厂宿舍区平房群共用化粪池，使用人数200人，生活污水标准每人30L/d，污泥量每人0.4L/d，进入化粪池新鲜污泥含水率取95%，发酵后污泥含水率取90%，设计清掏周期选取12个月，经计算化粪池容积为21m3。
仪器检查化粪池是否有有毒气体。在没有气体的情况下，组织车辆泵送化粪池内的漂浮物，用污水泵泵送漂浮物，然后从化粪池排出水。
在二级处理中，用高压清洗车稀释沉积的粪便和污泥，释放化粪池底部隐藏的气体，排出化粪池中的污水，再次检测化粪池是否含有有毒气体。