无菌实验室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室。所有的房间面积不宜过大，吊顶不宜过高，以便空气。
无菌试验室、生物实验室必须保证人身、环境、废弃物和样本，能长期而地运行，同时还为需要实验室工作人员提供一个舒适、而良好的工作环境。
无菌工作区有用无菌操作台，没有的话也可以用洁净工作台代替。需要放置在离门远的地方。
无菌实验室设计的地面应使用、不渗水、不吸水、防滑、无裂隙且易于清洗的建筑材料铺砌(如耐酸砖、水磨石、混凝土等)，地面应有适当坡度(以1.0~1.5%为宜)。
操作人员用肥皂洗手后进入缓冲间换拖鞋，用75%乙醇棉球擦手，穿戴工作衣帽、口罩。将所需物品剥去牛皮纸及外包装，从传递窗移入操作间，再用0.1%苯扎溴铵溶液泡手后进入操作间，在乙醇(或煤气灯)火焰区(火焰高度3-5cm)操作。
由于洁净实验室-生物实验室内操作对象是危险性的微生物，对人体、动植物或环境具有危害，必须通过采用合理的空气调节系统，保持洁净实验室-生物实验室的相对负压环境无论何时都不被破坏，以保证实验室内危险性微生物不能向外部环境中扩散。