黄颡鱼为一年一次性产卵型鱼类，在自然条件下有集群繁殖习性。繁殖季节在5月中旬至7月中旬，水温变化幅度为25～30.5℃。黄颡鱼一般在2龄时性成熟，澄湖黄颡鱼在1冬龄时也达性成熟，在测定的标本中，最小成熟个体中雌鱼体长11.5厘米，雄鱼体长13.5厘米，雌鱼的性成熟较雄鱼早。黄颡鱼怀卵量2500～16500粒，平均4000粒，相对怀卵量58.33～77.77粒/克，平均65.71粒/克。黄颡鱼的主要繁殖区域在水位浅、底质硬、有一定滩脚、透明度高、水流缓慢、饵料资源丰富、适宜筑巢孵化的水域。
生长规律 黄颡鱼属小型鱼类，生长较慢，黄颡鱼0+-2+龄为性成熟前的旺盛生长阶段，平均增长率较高。特别是1+龄阶段生长最快，一般至1+龄大部分性成熟，2+龄全部性成熟，3+龄以后体长相对增长率递减明显，但由于性腺的发育，体重相对增长率递减缓缓慢。
全长13.1～14.00毫米的仔鱼，随鱼体生长，口径增大开始摄食大型枝角类及桡足类和一些原生动物。全长15.1毫米以上的仔鱼，则开始摄食更大的动物，如摇蚊幼虫及寡毛类等。所以黄颡鱼仔鱼摄食的变化规律为轮虫（小型枝角类、桡足类幼虫）一大型枝角类（桡足类）一摇蚊幼虫（寡毛类）。 [6] 虽然黄颡鱼的食性较广，但饵料组成都比较简单，不同的体长阶段都是以1～3种饵料生物为主，而且由浮动生物向底栖动物转变。
白天潜伏水底或石缝中，夜间活动、觅食，冬季则聚集深水处。适应性强，即使在恶劣的环境下也可生存，甚至离水5～6小时尚不致死。黄颡鱼较耐低氧，溶氧2毫克/升以上时能正常生存，低于2毫克/升时出现浮头现象，1毫克/升出现窒息死亡。黄颡鱼适于偏碱性的水域，pH最适范围7.0～8.5，耐受范围6.0～9.0之间。黄颡鱼对盐度耐受性较差，经过渡可适应2‰～3‰氯化钠，高于3‰时出现死亡。