雌雄鱼的性腺发育节律基本一致：成熟系数从4月下旬开始急速上升，到5月中旬达峰，雌鱼为26.8%，雄鱼为0.98%。4月中旬以后，繁殖群体中多数黄颡鱼的性腺达Ⅳ期，卵子内卵黄大量沉积，大、中、小卵子群明显可见，精巢乳白色，多分枝，饱满而亮泽。在繁殖初期，渔获的雄鱼数量较雌鱼多，这主要与雄鱼性腺成熟较雌鱼早相关；在接近繁殖后期，渔获的雄鱼数量较雌鱼少，这可能与雄鱼有筑巢、守巢和保护后代的习性相关。
黄颡鱼为一年一次性产卵型鱼类，在自然条件下有集群繁殖习性。繁殖季节在5月中旬至7月中旬，水温变化幅度为25～30.5℃。黄颡鱼一般在2龄时性成熟，澄湖黄颡鱼在1冬龄时也达性成熟，在测定的标本中，最小成熟个体中雌鱼体长11.5厘米，雄鱼体长13.5厘米，雌鱼的性成熟较雄鱼早。黄颡鱼怀卵量2500～16500粒，平均4000粒，相对怀卵量58.33～77.77粒/克，平均65.71粒/克。黄颡鱼的主要繁殖区域在水位浅、底质硬、有一定滩脚、透明度高、水流缓慢、饵料资源丰富、适宜筑巢孵化的水域。
黄颡鱼仔鱼孵出1～3天，体长5.0～8.0毫米，从自身卵黄囊吸取营养，行内源性营养。4天以后卵黄囊基本消失，体长8.1～9.0毫米为仔鱼开口摄食阶段，主要摄食轮虫、小型枝角类及桡足类幼体，9.0毫米l以上仔鱼完全以外界食物为食，行外源性营养。
白天潜伏水底或石缝中，夜间活动、觅食，冬季则聚集深水处。适应性强，即使在恶劣的环境下也可生存，甚至离水5～6小时尚不致死。黄颡鱼较耐低氧，溶氧2毫克/升以上时能正常生存，低于2毫克/升时出现浮头现象，1毫克/升出现窒息死亡。黄颡鱼适于偏碱性的水域，pH最适范围7.0～8.5，耐受范围6.0～9.0之间。黄颡鱼对盐度耐受性较差，经过渡可适应2‰～3‰氯化钠，高于3‰时出现死亡。