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ISO的组织机构包括：ISO全体大会、主要官员、成员团体、通信成员、捐助成员、政策发展委员会、合格评定委员会（CASCO）、消费者政策委员会（COPOLCO）、发展中国家事务委员会（DEVCO）、特别咨询小组、技术管理局、技术委员会TC、理事会、中央秘书处等。ISO组织结构如下图所示：

ISO的组织机构分为非常设机构和常设机构。ISO的权力机构是ISO全体大会（General Assembly），是ISO的非常设机构。1994年以前，全体大会每3年召开一次。全体大会召开时，所有ISO团体成员、通信成员、与ISO有联络关系的国际组织均派代表与会，每个成员有3个正式代表的席位，多于3位以上的代表以观察员的身份与会；全体大会的规模大约200～260人。大会的主要议程包括年度报告中涉及的有关项目的活动情况、ISO的战略计划以及财政情况等。ISO中央秘书处承担全体大会、全体大会设立的4个政策制定委员会、理事会、技术管理局和通用标准化原理委员会的秘书处的工作。自1994年开始根据ISO新章程，ISO全体大会改为一年一次。

ISO的主要官员有5位，他们是：ISO主席（President）；ISO副主席（政策）（Vice President，Policy），ISO副主席（技术）（Vice President，Technical Management）；ISO司库（Treasurer）；ISO秘书长（Secretary-General），所有主要官员由理事会任命，享有终身任期；ISO秘书长负责主持ISO的日常工作。