生物肥料在中国生产，经历了几起几落的发展过程，但从总体速度来看是较慢的。20世纪50年代大力推广应用大豆、绿肥根际固氮菌。当时全国各地差不多每个县都有菌肥厂。这个时期的生物肥料生产只求产量，不顾及质量，持续时间很短。
生物肥
生物肥
20世纪60年代末至七十年代初，全中国许多地方又恢复生物肥料生产和推广细菌肥料，大部分采用发酵生产。与20世纪50年代相比，质量有了提高，但后来许多地方用炉灰渣替代草炭作吸附剂，产品质量下降，农民就不愿意使用了。这两个阶段的生物肥料生产有一个共同点——产品没有严格的质量监督管理。20世纪80年代初，中国生物肥料生产及应用由于其增产明显，品质改善、特别是对环保的特殊作用，又呈上升趋势，开始出现了固氮、解磷和解钾生物肥料极其由此演变出来的各种名称各异，千奇百态的生物肥料。
还不断有新的企业投入生产，有新的产品出现。国外生物肥料生产技术和产品也开始拥入中国市场，中国生物肥料的生产又进入了一个新的发展时期。
光合细菌肥料 光合细菌肥料发展很快，主要用于畜禽饲养和水产养殖，也可以用于农作物拌种和叶面喷施。
5、复合微生物肥料复合微生物肥料是20世纪90年代的新产品。此类产品的种类较多。复合微生物肥料的产品形式主要有三种。种是微生物接种剂与有机物料、无机肥料混合后造粒；第二种是微生物接种剂与有机肥料混合造粒然后与化肥复合肥混合包装；第三种是在有机无机复合肥的包装中附加一袋微生物接种剂，在田间施用前，将接种剂与有机无机复合肥混合。
6、“酵素菌”和“EM ” “酵素菌”和“EM ”均是从日本引进的微生物发酵剂产品。真正以“EM”为名获农业部登记的全国还没有一家，事实上“EM”本身在日本就未获日本政府的登记。发展EM和“酵素菌”，首先要清楚“EM”和“酵素菌”所含的确切菌种类型，菌种的来源无论是自制的、还是从境外购买的都要经过鉴定，而且要鉴定到种。在企业无确切的生产标准，产品无量化指标、无检测方法的情况下，不宜组织大的课题进行研究、推广。
生物肥料能提高土壤肥力，这是它的主要作用，如各种固氮菌肥料，可以增加土壤中的氮素来源，解磷解钾菌肥料可以将土壤中难溶性的磷、钾溶解出来，增加土壤中磷(P)、钾(K)元素的来源。另外，生物肥料还能促进作物的生长，改善农产品的品质。各种生物肥施入土壤中，都能产生不同的生长激素，刺激作物的生长，如“5406”放线菌生物肥，不但有拮抗病原菌防病壮菌的作用，还能分泌细胞分裂素促进作物的
生物肥料造粒机
生物肥料造粒机
生长。真菌类的生物肥不仅在协助作物吸收磷、锌及铜等矿质元素方面有很强的作用，还有增强作物的吸水、保水以提高作物抗旱能力的作用。由于生物肥料能制造和协助作物吸收利用多种营养元素，因此对农产品的品质有很大的改善，可以改变因施化肥产生的“瓜不香，果不甜，茶无味”的现状，使农产品各项指标达到绿色食品的标准。