体色呈灰黑色，体背和头顶色较暗黑，腹部淡白，体侧各有不规则黑色斑块，头侧各有2行黑色斑纹。奇鳍黑白相间的斑点，偶鳍为灰黄色间有不规则斑点。全身披有中等大小的鳞片，圆鳞，头顶部覆盖有不规则鳞片。侧线平直，在肛门上方有一小曲折，向下移二行鳞片，行于体侧中部，后延至尾部。
背鳍颇长，几乎与尾鳍相连，无硬棘，始于胸鳍基底上方，距吻端较近。腹鳍短小，起点于背鳍第4～5根鳍条下方，末端不达肛门。胸鳍圆形，鳍端伸越腹鳍中部。臀鳍短于背鳍，起点于痛鳍第15～16根鳍条下方。尾鳍圆形。肛门紧位于臀鳍前方。背鳍软条为49～54条，臀鳍软条为32～38条。
雌雄鱼的特征：在此介绍黑鱼雌雄鉴别的几个外形特征：一眼看去，雄鱼与同长的雌鱼相比，腹部较瘦，身体较狭长一些；雄鱼背鳍和尾鳍比雌鱼要宽、长一些；体色较深黑，成熟时腹部两侧多数呈暗紫红色；生殖孔白色较为狭小。
雌鱼的特征：雌鱼的生殖孔突出，为鲜红色、红色，呈圆形、椭圆形，直径0.6~1厘米，生殖孔较小则尚未成熟。成熟的雌鱼胸腹白色膨大丰满，腹部向上，圆而松软，中间凹陷，卵巢轮廓明显；胸鳍、腹鳍呈黄白色、灰白色。
雌雄亲鱼的区别：
一、体形：雌鱼腹部膨大突出、圆滑松软。雄鱼腹部较小，肥软。
二、体色：雌鱼胸部鳞片呈乳白色，亦有的个体呈淡黄色，腹部无黑斑，体色较淡。雄鱼胸腹部有较多的灰黑色、蓝黑色花纹，体色较深，充分成熟时体侧呈现出暗紫红色。
三、生殖孔：雌鱼生殖孔大而突出，为圆形、椭圆形，呈粉红色，充分成熟时鲜红色，生殖孔突出。雄鱼生殖孔狭小而微凹，呈三角形，充分成熟时呈淡红色，红色圈较小。
检查时操作要谨慎，动作要轻，速度要快，防止损伤亲鱼和过强刺激亲鱼，防止流产。