厂房租赁关系中的损害赔偿纠纷同其他法律关系中的损害赔偿一样，主要是由侵权行为引起的，常见的有厂房损坏赔偿、人身或财物损害赔偿、侵犯厂房共有人合法权益赔偿等。从司法实践看，目前颇有争议的是租赁关系结束后，租赁者对厂房所作的装修如何赔偿。
对此，法律法规并无明文规定，凡是房东同意装修的，无论什么原因提前解除合同，房东都要赔偿经评估后的装修费的残值部分，以此体现公平原则;但如果合同对此有约定的，按约定处理。这一规定未必能体现公平原则，因为如果是因拖欠租金造成合同提前解除的，而房东又并不需要租赁者对厂房所作的那些装修，那么要房东赔偿租赁者的装修残值就有所不公，否则岂非保护了合同违约方而损害了守合同条约方的利益。
东莞厂房出租知道或者应当知道承租人转租，但在六个月内未提出异议，其以承租人未经同意为由请求解除合同或者认定转租合同无效的，人民法院不予支持。
b承租人经出租人同意装饰装修，租赁合同无效时，东莞厂房出租未形成附合的装饰装修物，出租人同意利用的，可折价归出租人所有;不同意利用的，可由承租人拆除。因拆除 造成房屋毁损的，承租人应当恢复原状。 已形成附合的装饰装修物，出租人同意利用的，可折价归出租人所有;不同意利用的，由双方各自按照导致合同无效的过错分担现值损失。
c房屋租赁合同无效，东莞厂房出租当事人请求参照合同约定的租金标准支付房屋占有使用费的，人民法院一般应予支持。
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对东莞厂房结构的损伤、变形、老化、使用条件等进行检测和调查，以评价厂房可靠性的过程。东莞厂房安全检查是保证厂房建筑物的正常使用和安全耐久的重要技术措施，应作为安全管理的重要环节列入计划。对于使用年代久远、使用条件恶劣、生产工艺变动较大或遭受地震、爆炸、火灾、风灾等偶然作用后的厂房，更应该及时进行安全检查，以便对厂房的可靠性作出评价，采取相应的维修、加固和改造等措施，确保生产的连续性和人员、设备的安全。
东莞厂房安全检查由有关专业人员组成的专门调查机构遵照国家颁发的各项标准、规范和规定进行。调查机构应根据安全检查的目的.内容及范围，确定所需的调查项目，采用目测、非破损或微破损检验及结构试验等方法，取得所需的调查资料。调查结果作为建筑物改建、大修、结构加固或拆除的原始资料。