病原体的种类
不同传染病病原体各有特点，对不同消毒方法的耐受性不同。如细菌芽胞对各种消毒措施的耐受力最强，必须用杀菌力强的灭菌剂、热力或辐射处理，才能取得较好效果。故一般将其作为最难消毒的代表。其他如结核杆菌对热力消毒敏感，而对一般消毒剂的耐受力却比其他细菌为强。真菌孢子对紫外线抵抗力很强，但较易被电离辐射所杀灭。肠道病毒对过氧乙酸的耐受力与细菌繁殖体相近，但季胺盐类对之无效。肉毒杆菌素易为碱破坏，但对酸耐受力强。至于其他细菌繁殖体和病毒、螺旋体、支原体、衣原体、立克次体对一般消毒处理耐受力均差。常见消毒方法一般均能取得较好效果。
低水平消毒
能杀灭细菌繁殖体（分枝杆菌除外）和亲脂类病毒的化学消毒方法以及通风换气、冲洗等机械除菌法。如采用季铵盐类消毒剂（苯扎溴铵等）、双胍类消毒剂（氯己定）等，在规定的条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。
疫源地消毒
是指有传染源（病者或病原携带者）存在的地区，进行消毒，以免病原体外传。疫源地消毒又分为随时消毒和终末消毒二种。随时消毒是指及时杀灭并消除由污染源排出的病原微生物而进行的随时的消毒工作。
终末消毒是指传染源住院隔离，痊愈或死亡后，对其原居地点进行的彻底消毒，以期将传染病所遗留的病原微生物彻底消灭。在医院中传染源停止隔离出院后，对物品及病房的消毒亦为终末消毒。
物理消毒法
1）高压蒸汽消毒法：通常采用98.066千帕压力与121-126°C温度10-15分钟，可杀灭各型肝炎病毒；采用蒸笼蒸煮或家用高压锅，待冒气盖阀后20分钟，即可达到消毒效果
2）煮沸消毒法：在100°C的温度下煮1分钟，就能使乙、丙、丁、戊型及甲型肝炎病毒失去活力和传染性；煮沸15-20分钟以上，可将各型肝炎病毒杀灭。
本法适合于食具、护理用具及棉织品的消毒。至于塑料制品、合成纤维及皮毛制品则不适合。新洁尔灭、氯已定（洗必泰）不能肯定，度米芬、来苏、石炭酸、米醋、熏醋对乙型肝炎病毒无作用。此外，肝炎患者的剩饭剩莫须有也要煮沸消毒后再弃去。
3）阳光曝洒法：凡不能蒸煮的物品，则宜采用本法，一般曝晒6小时以上。
4）焚烧法：患者污染并丢弃的杂物、一次性医护用品、垃圾（包括月经纸、手纸）等均应焚烧掉，以达彻底消毒之目的。