病原体的种类
不同传染病病原体各有特点，对不同消毒方法的耐受性不同。如细菌芽胞对各种消毒措施的耐受力最强，必须用杀菌力强的灭菌剂、热力或辐射处理，才能取得较好效果。故一般将其作为最难消毒的代表。其他如结核杆菌对热力消毒敏感，而对一般消毒剂的耐受力却比其他细菌为强。真菌孢子对紫外线抵抗力很强，但较易被电离辐射所杀灭。肠道病毒对过氧乙酸的耐受力与细菌繁殖体相近，但季胺盐类对之无效。肉毒杆菌素易为碱破坏，但对酸耐受力强。至于其他细菌繁殖体和病毒、螺旋体、支原体、衣原体、立克次体对一般消毒处理耐受力均差。常见消毒方法一般均能取得较好效果。
预防性消毒
是指未发现传染源情况下，对可能被病原体污染的物品、场所和人体进行消毒措施。如公共场所消毒，运输工具消毒，饮水及餐具消毒，饭前便后洗手均属之。医院中手术室消毒，免疫受损严重的病人，如骨髓移植病人预防性隔离及消毒措施亦为预防性消毒。
传染病消毒是用物理或化学方法消灭停留在不同的传播媒介物上的病原体，藉以切断传播途径，阻止和控制传染的发生。其目的：
（1）防止病原体播散到社会中，引起流行发生。
（2）防止病者再被其他病原体感染，出现并发症，发生交叉感染。
（3）同时也保护医护人员免疫感染。
仅靠消毒措施还不足以达到以上目的。须同时进行必要的隔离措施和工作中的无菌操作，才能达到控制传染之效。
物理消毒法
1）高压蒸汽消毒法：通常采用98.066千帕压力与121-126°C温度10-15分钟，可杀灭各型肝炎病毒；采用蒸笼蒸煮或家用高压锅，待冒气盖阀后20分钟，即可达到消毒效果
2）煮沸消毒法：在100°C的温度下煮1分钟，就能使乙、丙、丁、戊型及甲型肝炎病毒失去活力和传染性；煮沸15-20分钟以上，可将各型肝炎病毒杀灭。
本法适合于食具、护理用具及棉织品的消毒。至于塑料制品、合成纤维及皮毛制品则不适合。新洁尔灭、氯已定（洗必泰）不能肯定，度米芬、来苏、石炭酸、米醋、熏醋对乙型肝炎病毒无作用。此外，肝炎患者的剩饭剩莫须有也要煮沸消毒后再弃去。
3）阳光曝洒法：凡不能蒸煮的物品，则宜采用本法，一般曝晒6小时以上。
4）焚烧法：患者污染并丢弃的杂物、一次性医护用品、垃圾（包括月经纸、手纸）等均应焚烧掉，以达彻底消毒之目的。