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实验室离心机分离方法不一，适用场合也不尽相同。
1. 差速离心法：许多具有生物活性的生物大分子和亚细胞器是不稳定的，需要低温高速离心，zui常用的是差速离心法。通过离心后倒出上清液和沉淀分开，把分离出来的上清液再增大转速离心，分离出第二部分沉淀，这样不断增大转速，逐级分离出所需要的物质。利用这种方法可以有效地分离大小上差别较大的颗粒，但不能分离大小相似的颗粒，而且所分离出来的组分往往是不均一的，杂有其他种类的颗粒。
2.区带离心法：其中又可以分为两种：速率区带离心和等密度速率区带离心。
1) 速率区带离心法：这是将小量悬液放在一平缓的密度梯度液上，用此梯度液来稳定颗粒的沉降。由于离心，颗粒离开起始区带而移动，移动的速度是由颗粒的大小、形状和它们所受实验室离心机的离心力来决定的。离心一段时间历，各种颖粒将按照它们的相对速度移动而各个分开，成为一系列区带。用这种方法我们可以将沉降速度差为20%或者更大的颗粒。
2)等密度区带离心法：这是将要分离的颗粒悬液放至密度梯度液上，或者实际上将颗粒溶于制作梯度的溶液中。通过离心，颗粒或者上浮或者下沉，达到与它们自己密度相同的液体处在这里它们没有重量，不管离心多长时间，它们再也不移动了。这些颗粒可成为一系列区带，每种颗粒在它自己的密度区。所以，这是一种利用颗粒浮密度的大小分离颗粒大小的方法。使用的介质通常是氯化铯(Cscl)和硫酸铯(Cs2SO4)。前者适合于DNA分离，后者适合于RNA分离。这种方法与速率区带离心法相比，它有一个主要的缺点是在离心期间，颗粒不可避免地暴露在高浓度的梯度溶液中，会引起颗粒的部分损伤，并可能出现相当于损伤颗粒的一些额外的区带 。
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