高新企业申报需要对研发费用进行核算和归集，那进行加计扣除的研发费用和高新企业申报归集的研发费用有什么差异呢？
一、委托境外研发的研发费用不同
加计扣除中对委托境外进行研发活动所发生的费用是这样规定的，即按照费用实际发生额的80%计入委托方的委托境外研发费用，且费用实际发生额应按照独立交易原则确定，如果委托方要申报此类费用还需要受托方提供研发项目费用支出明细情况。
高新企业申报研发费用有这样一个规定即企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%，那反过来讲就是境外发生的研发费用总额不得超过40%。
二、装备调试费用与试验费用的涉及
研发费用加计扣除并没有未单独列示这一块的费用明细，但高新企业申报中的研发费用涉及了装备调试费用与试验费用包括工装准备过程中研究开发活动所发生的费用。
三、设计费用包含内容不同
加计扣除中对设计费用的规定包括为了开展新产品设计、新工艺规程制定、新药研制的临床试验、勘探开发技术的现场试验过程中发生的各类费用。
高新企业申报中对设计费用的规定是指为新产品和新工艺进行构思、开发和制造，到完成等层层工序发生的费用，这里面包含的内容比较广，还包括为获得创新性、创意性、突破性产品进行的创意设计活动发生的相关费用。
四、折旧费用的不同
加计扣除中对折旧费用涉及的内容包括用于研发活动的仪器、设备的折旧费，而高新企业申报的折旧费用指的是用于研究开发活动的仪器、设备和在用建筑物的折旧费。
五、其他相关费用扣除限额不同
加计扣除对其他相关费用有相关规定，即明确了与研发活动直接相关的其它相关费用不得超过可加计扣除研发费用总额的10%，相关公告还明确了该限额的计算，每个用于加计扣除的研发项目的其他相关费用也不得超过研发费用总额的10%。
高新企业申报中对其他相关费用规定是一般不得超过研究开发总费用的20%。