高新企业申报涉及研发的方面有研发管理水平和认定条件中的研发费用占比情况，可以说它是评审中影响较大的一块，可是有些企业在进行认定时总会在研发这一块出现问题，具体体现在哪些方面呢？
（一）研发活动问题
研发活动问题一方面是企业引起的，一方面是认定机构导致的。企业的问题是存在有些公司缺乏研发领域的专家加上研发项目的资源不足，导致开展的研发活动没能顺利进行，错过了高新企业申报时机；认定机构的问题是对企业的研发活动难以认定，如企业是否通过研究开发活动在技术、工艺、产品（服务）方面的创新取得了有价值的成果，是否对本地区相关行业的技术、工艺领先具有推动作用。
（二）高新企业申报研发费用归集问题
1、在实际执行中，存在一些尚未设立专门研发机构的企业，这些企业在核算和归集研发费用没法做到合理无误，对可以进行加计扣除政策的研发费用难以确定；
2、工作指引中较明确规定了直接投入的开支范围，但企业实际操作中会出现研发费中的材料费品种繁多，部分领料单上亦未写明具体用于什么研究开发项目的情况；
3、很多进行高新企业申报的企业特别是中小型企业并没有独立设置研发费用科目，就将发生的研发费分别记录在不同的会计科目上，导致无法核算研发项目的研发费用。
（三）委托研发费用真实性难以核实。
企业研发费用税前扣除有规定，如果企业委托给外单位进行研发，受托方应提供该研发费用支出明细情况。但受托方提供资料的真实性难以保证，税务部门如果不进行延伸检查，就无法辨别真实性。特别是当受托方为异地注册的企业，税务部门会受行政管辖权的限制。
产生上述问题的原因是多方面的，企业要对研发的相关问题进行讨论并及时解决，确保企业的财务数据合理准确，证实企业的研发能力水平符合高新企业申报的标准要求。