不同的传播机制引起的传染病，消毒的效果有所不同。肠胃道传染病，病原体随排泄物或呕吐物排出体外，污染范围较为局限，如能及时正常地进行消毒，切断传播途径，中断传播的效果较好。呼吸道传染病，病原体随呼吸、咳嗽、喷嚏而排出，再通过飞沫和尘埃而播散，污染范围不确切，进行消毒较为困难。须同时采取空间隔离，才能中断传染。虫媒传染病则采取杀虫灭鼠等方法。
疫源地消毒
是指有传染源（病者或病原携带者）存在的地区，进行消毒，以免病原体外传。疫源地消毒又分为随时消毒和终末消毒二种。随时消毒是指及时杀灭并消除由污染源排出的病原微生物而进行的随时的消毒工作。
终末消毒是指传染源住院隔离，痊愈或死亡后，对其原居地点进行的彻底消毒，以期将传染病所遗留的病原微生物彻底消灭。在医院中传染源停止隔离出院后，对物品及病房的消毒亦为终末消毒。
具体检查方法：
1．物品表面检查 在消毒物品相邻部位划出2个10cm2范围，消毒前后别以无菌棉签采样，接种后培养24～48小时观察结果。
2．排泄物检查 消毒前后各取0.2ml排泄物的稀释液接种肉汤管，37℃培养24小时后再取样转种相应的培养基，24～48小时后观察结果。
3．空气消毒效果检查 一般用自然沉降法。消毒前后在消毒的空间不同平面和位置。放置4～5个平面，暴露5～30分钟后盖好，培育24～48小时观察结果。
物理消毒法
1）高压蒸汽消毒法：通常采用98.066千帕压力与121-126°C温度10-15分钟，可杀灭各型肝炎病毒；采用蒸笼蒸煮或家用高压锅，待冒气盖阀后20分钟，即可达到消毒效果
2）煮沸消毒法：在100°C的温度下煮1分钟，就能使乙、丙、丁、戊型及甲型肝炎病毒失去活力和传染性；煮沸15-20分钟以上，可将各型肝炎病毒杀灭。
本法适合于食具、护理用具及棉织品的消毒。至于塑料制品、合成纤维及皮毛制品则不适合。新洁尔灭、氯已定（洗必泰）不能肯定，度米芬、来苏、石炭酸、米醋、熏醋对乙型肝炎病毒无作用。此外，肝炎患者的剩饭剩莫须有最好也要煮沸消毒后再弃去。
3）阳光曝洒法：凡不能蒸煮的物品，则宜采用本法，一般曝晒6小时以上。
4）焚烧法：患者污染并丢弃的杂物、一次性医护用品、垃圾（包括月经纸、手纸）等均应焚烧掉，以达彻底消毒之目的。