消毒是指杀死病原微生物、但不一定能杀死细菌芽孢的方法。通常用化学的方法来达到消毒的作用。用于消毒的化学药物叫做消毒剂。灭菌 是指把物体上所有的微生物（包括细菌芽孢在内）全部杀死的方法，通常用物理方法来达到灭菌的目的。
不同的传播机制引起的传染病，消毒的效果有所不同。肠胃道传染病，病原体随排泄物或呕吐物排出体外，污染范围较为局限，如能及时正常地进行消毒，切断传播途径，中断传播的效果较好。呼吸道传染病，病原体随呼吸、咳嗽、喷嚏而排出，再通过飞沫和尘埃而播散，污染范围不确切，进行消毒较为困难。须同时采取空间隔离，才能中断传染。虫媒传染病则采取杀虫灭鼠等方法。
疫源地消毒
是指有传染源（病者或病原携带者）存在的地区，进行消毒，以免病原体外传。疫源地消毒又分为随时消毒和终末消毒二种。随时消毒是指及时杀灭并消除由污染源排出的病原微生物而进行的随时的消毒工作。
终末消毒是指传染源住院隔离，痊愈或死亡后，对其原居地点进行的彻底消毒，以期将传染病所遗留的病原微生物彻底消灭。在医院中传染源停止隔离出院后，对物品及病房的消毒亦为终末消毒。
消毒对象的性质
同样消毒方法对不同性质物品、效果往往不同。对油漆光滑的墙面，喷洒药液不易停留，应以冲洗、擦拭为宜。对较粗糙墙面，易使药液停留，可用喷洒消毒。环氧乙烷熏蒸，对易于吸收药物的布、纸张效果较好，而对金属表面，须延长时间。粪便、痰液消毒不宜用凝固蛋白质药物处理，因蛋白质凝固对病原体可起保护作用，高压蒸气杀菌效果虽好，但不宜用于毛皮，塑料和人造纤维制品。环氧乙烷熏蒸赛璐珞制品，高浓度过氧乙酸或含氯消毒剂如漂白粉浸泡绵织品，来苏液多次长时间浸泡乳胶手套，均可造成损坏。对于食品及餐具不宜用有毒或有恶臭的消毒液处理。