风机盘管空调系统的工作原理，就是借助风机盘管机组不断地循环室内空气，使之通过盘管而被冷却或加热，以保持房间要求的温度和一定的相对湿度。盘管使用的冷水或热水，由集中冷源和热源供应。与此同时，由新风空调机房集中处理后的新风，通过专门的新风管道分别送入各空调房间，以满足空调房间的卫生要求。
风机盘管空调系统与集中式系统相比，没有大风道，只有水管和较小的新风管，具有布置和安装方便、占用建筑空间小、单独调节好等优点，广泛用于温、湿度精度要求不高、房间数多、房间较小、需要单独控制的舒适性空调中。
滋生细菌，传染疾病：由于风道通过出风口、回风口与室内形成相对封闭空间，风道内的灰尘（一般肉眼看不见）及病菌会随着空调风吹到房间各个角落，逐渐变成室内空气的污染源；同时某一个房间的病菌也容易随着空调循环风吹到其他房间形成交叉感染。如：“非典”期间国家卫生部命令停开室内所有无新风的中央空调，防止疫情传播。1976年美国费城的军团菌大爆发，事后研究认定其传染源就是该市某会场内的中央空调。
风道在时间的推移和设备使用的年限增加中，它的表面会依附着大量的灰尘（悬浮微粒物）。这使边壁形成的边界层发生破坏，即破坏了流体在风道内的层流状态。而形成了紊流状态，增加了内摩擦力，使风力受阻、风机的负载增大，机组能力下降，对于设备使用寿命会降低，增加能源的消耗。
空调制热时，气体氟利昂被压缩机加压，成为高温高压气体，进入室内机的换热器（此时为冷凝器），冷凝液化放热，成为液体，同时将室内空气加热，从而达到提高室内温度的目的。液体氟利昂经节流装置减压，进入室外机的换热器（此时为蒸发器），蒸发气化吸热，成为气体，同时吸取室外空气的热量（室外空气变得更冷）。成为气体的氟利昂再次进入压缩机开始下一个循环。