三格式化粪池是由三个相互连通的密封粪池组成，粪便由进粪管进入第一池依此顺流至第三池，其各池的主要原理：
第一池：主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
第二池：起进一步发酵、沉淀作用，与第一池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池：主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
第一、二池的有效容积：应根据使用人数、粪便贮存发酵达到无害化所需的时间决定，一般要求第一、第二池的有效容积应保证粪便在其中能存留30天时间，在第三池存留30天。每人每天的粪尿排泄量约为1.5L，节水型便器的冲洗水量可按每天2.OL计算，所以第一、二池容积的最低计算量不能少于3.5L。第三池容积的大小视用周期而定，一般不小于第一和第二池之和。如果是水冲式的户厕则贮粪池容积可适当放大。
化粪池应及时清掏，当沼气积累到达一定高浓度后，遇到静电（是一种处于静止状态的电荷）火星发生燃爆。化粪池是处理粪便并加以过滤沉淀的设备。其原理是固化物在池底分解，上层的水化物体，进入管道流走，防止了管道堵塞，给固化物体（粪便等垃圾）有充足的时间水解。
化粪池对人类粪便进行分解的地方，固化物如果没有及时的分解的话就会堆积起来，久而久之造成化粪池的堵塞，我们知道粪便在分解的过程中会产生大量的沼气和其他有毒其他，所以进行化粪池清理的时候一定要做好防护措施，经常看到的化粪池清理事故就是因为没有做好安全防护措施做成的。