比赛沿用当年菲迪皮得斯所跑的路线，距离约为40公里200米。此后十几年，马拉松跑的距离一直保持在40公里左右。1908年第4届奥运会在伦敦举行时，为方便英国王室人员观看马拉松赛，特意将起点设在温莎宫的阳台下，终点设在奥林匹克运动场内，起点到终点的距离经丈量为26英里385码，折合成42.195公里。国际田联后来将该距离确定为马拉松跑的标准距离。女子马拉松开展较晚，1984年第23届奥运会才被正式列入比赛项目。由于马拉松比赛一般在室外进行，不确定因素较多，所以在2004年1月1日前马拉松一直使用世界成绩，没有世界记录。在2004年雅典奥运会上，首次将奥运会的后一个比赛项目男子马拉松的颁奖典礼安排在闭幕式上举行。在东道主希腊人看来，马拉松比赛是奥运会的“灵魂”之一，在闭幕式上为马拉松运动员颁奖，是奥林匹克回家的一种象征。 2008年北京奥运会，继承了这一做法。