新池建成确认无渗漏，并养护两周后正式启用。
使用中要控制用水量。
及时清理粪皮和粪渣，在粪池内取出的粪渣须经堆肥法或化学法处理后再作肥料，第三池取出的粪水可直接用作肥料。
第二池
起进一步发酵、沉淀作用，与第一池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池
主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
化粪池本身就是一个收集污物，再进行降解、转化、过滤的容器。之所以要对化粪池进行清掏，是因为该容器的容量有限，要把那些常年无法降解的物质清理出来，让化粪池有足够的空间，才能起到继续收集和转化功能。
若化粪池长期不能得到有效的清理，会导致污物过多，如：头发、毛巾、塑料布和粪便、油垢相互粘接，形成固体，越积越厚，导致堵塞翻眼。这时候的清理难度就相当大了。同时会产生大量易燃和有害气体。
清理化粪池作业程序
1.用铁钩打开化粪池的盖板，再用长竹杆(8m)搅散化粪池内杂物结块层。
2.把吸粪车开到工作现场，套好吸粪胶管(5m长，备3条)放入化粪池内。
3.启动吸粪车的开关，吸出粪便直至化粪池内的化粪结块物吸完为止，防止弄脏工作现场和过往行人的衣物。
4.盖好化粪池井盖，用清水冲洗工作现场和所有工具。
5.每年清理一次，一级池清运90％，二级池清运75％，三级池硬的表面全部清运。
6.清理后，目视井内无积物浮于上面，出入口畅通，保持污水不溢出地面。
7.在化粪池井盖打开后10～15min，人不站在池边，禁止在池边点火或吸烟，以防沼气着火烧伤人
8.人勿下池工作，防止人员中毒或陷入水中。
9.化粪池井盖打开后工作员不能离开现场，清洁完毕后，随手盖好井盖，以防行人掉入井内发生意外。