金鱼的身体由头部、躯干（胴）和尾部3部分组成，各部分的分界线不太明显。通常是从身体的吻端到鳃盖的后缘，与胸鳍开始处划一垂直线称为头部；从鳃盖的后缘到肛门或臀鳍的开始处称为躯干部；从肛门或臀鳍开始处到侧线后端鳞片的后缘称为尾部。

有银灰色、红色、黄色、白色、黑色、紫色、蓝色、透明、花斑和五花等。野生鲫鱼的颜色是暗淡的，不鲜明的。而家养的金鱼有许许多多鲜艳的颜色。从表面上看来，好像金鱼在家化的过程中发生了许多新色素。其实不然，从鳞片的显微镜观察，存在于色彩鲜艳五光十色的金鱼中的色素同样也存在于色彩不鲜艳的野生鲫鱼中。金鱼的颜色成分只有3种：黑色色素细胞，橙黄色色素细胞和淡蓝色的反光组织，所有这些成分都存在于野生鲫鱼中。家养金鱼鲜艳的、多变的体色，不过是由于这3种成分的重新组合，重新分布，强度、密度的变化，或消失了野生鲫鱼原有色素中一个或更多的成分而形成的。在金鱼的个体发育过程中，曾有褪色的现象。黑色金鱼如墨龙睛、墨水泡等，有随年龄而变化现象。有些黑鱼在2～3年内褪为橙红色、或红黑色，有些褪成黑白色，另一些保持黑色较久。黑色的金鱼很少。各品种金鱼在幼鱼阶段都呈现灰褐色，经过一定时期的发育之后，由于色素细胞的部分消失而转变为成鱼的体色。唯独紫色、透明和五花的区别较其他各色金鱼为早些，在体形分化后肉眼便能区分。