在我国，相关机构专门为此制定了一系列规定条文，并于1998年分别发布了GB17323-1998《瓶装饮用纯净水》标准和GB17324-1998《瓶装饮用纯净水卫生标准》。
纯净水受微生物污染的因素纯净水受微生物污染的因素是多方面的，但主要有三种因素。
1、纯净水生产部门不重视食品卫生工作，尽管制订了有关的操作规程和制度，但监督的力度不够，在生产过程中，各项规程和制度没有得到落实和实施，我们在调查中发现有的厂具有现代化的厂房、先进的国外生产机器和完善的空气净化以及消毒设备，但生产的纯净水有时检验结果菌落总数每毫升为零，有时检出几个甚至几十个，通过深入调查发现检出细菌的批号是停产两天后又开始生产时不按规定严格消毒造成的。存在这样的现象经常造成产品的质量不稳定。李红等报道，水处理终端过滤器和灌装工人手是瓶装矿泉水生产过程中微生物的关键污染环节。在纯净水生产的流程中，各个环节都有可能污染微生物，关键取决于生产人员的卫生意识和各种操作规程的严格执行程度。
2、生产工艺不合理、设施不完善，也是造成微生物超标的主要因素之一。采用水源不同，生产不同类型的纯净水的工艺流程不同，一般原则是在达到纯化的前提下，流程越简单越好，流程越短越容易控制产品的卫生质量。纯净水的工艺流程基本为水源→过滤→纯化处理→臭氧混合消毒→灌装→检验→入库。这种工艺的优点是灌装纯净水中仍余留臭氧，如果从瓶或盖和灌装间的空气中带入少量的微生物也可达到杀灭的目的，保持产品无菌。我们曾了解到有些厂家设备不完善或在纯净水经过臭氧混合消毒后不直接灌装，而是通过贮水罐停留一定时间后再灌装，结果通过检验发现细菌的存在。许荣年等报道，水灌装入瓶前停留0.5～2 h，臭氧大约过了2～8个衰期，水中臭氧浓度大为下降，即使处理水本身无菌，但在灌装入瓶时无法杀死因包装物或灌装间空气重新带入的残留细菌。从以上理论认为，这种工艺流程，瓶和盖及灌装间一定要保证无菌，否则产品中一定有微生物存在，但在实际工作中是很难做到的。
3、技术水平低、对各种设备的性能似懂非懂，也是导致微生物污染的又一因素。我们在现场调查中发现，某些厂家的技术人员对有效杀灭微生物的臭氧发生器和控制微生物的设施了解很肤浅，尽管安装上目前认为纯净水消毒效果的臭氧发生器和空气净化设备，但不能应用其有效的性能或在生产中发挥其最有效的作用，产品中经常检出微生物。采用臭氧处理纯净水的基本原理是臭氧与水混合，并使其最终在水中浓度达到0.5 mg/L以满足杀菌要求，根据此参数，企业应根据生产时实际的用量来推算臭氧发生器的应产臭氧量。
4、另外，还必须考虑实际生产时设备的实际可操作产量，如长时间使用后设备性能下降，应适当调节，并通过有效的测定；臭氧与水混合是否完全，最终是否能达到杀菌要求的剂量以及能维持的时间等，是能否达到杀灭强度的最基本因素。空气净化设备也是一样，一些厂家不能正确地使用和维修以保证净化设备的正常运转和的净化效果。总认为安装上了空气净化设备，净化的空气就是无菌的，产品肯定会合格，也没有定期检测空气净化的程度，以上现象反映出技术人员的技术水平直接影响产品的卫生质量。